蛋白定性分析

服务简介

蛋白定性分析（Protein Identification）是利用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）技术对生物样本中的蛋白质进行鉴定和确认的服务。该技术可解决“样本中有哪些蛋白质”这一核心问题，是蛋白质组学研究的基础。

我们提供专业、高通量的蛋白定性分析服务，适用于胶点/胶条（SDS-PAGE）、免疫共沉淀（Co-IP）产物、pull-down洗脱液、蛋白溶液、外泌体等多种样本类型。通过高分辨率质谱平台和多种数据库搜索引擎，精准鉴定目标蛋白及其可能的翻译后修饰，为蛋白互作、标志物发现、机制解析等研究提供可靠依据。

技术原理

蛋白样品首先需经蛋白酶酶解成多肽，多肽经过液相色谱分离后进入质谱，多肽的质荷比信息在一级质谱中记录，其后多肽被碎裂并在二级质谱中记录其碎片质荷比。质谱数据经过数据库比对分析后得到多肽和其归属蛋白质的定性定量信息，从而实现对蛋白质的定性鉴定和定量分析。

技术优势

l 高灵敏度：可检测低丰度蛋白。

l 高特异性：基于肽段序列的精确匹配，假阳性率低。

l 高通量：单次可鉴定数千种蛋白质，适合复杂样本。

l 兼容多种样本：胶点、胶条、溶液、交联复合物等均可处理。

服务流程

样本接收与评估——蛋白酶解：还原烷基化 → 胰蛋白酶酶解（过夜） → 除盐纯化——LC-MS/MS上机——数据库搜索——数据质控与过滤——结果交付

样本类型与要求

服务内容与周期

应用领域

1、蛋白互作验证：鉴定免疫共沉淀（Co-IP）、pull-down、RNA pull-down产物的结合蛋白。

2、胶点/胶条蛋白鉴定：从SDS-PAGE凝胶中鉴定差异条带的蛋白身份。

3、复杂样本蛋白组成分析：细胞裂解液、组织匀浆、外泌体、亚细胞组分等的蛋白谱分析。

4、翻译后修饰位点确认：鉴定磷酸化、乙酰化、甲基化、泛素化等修饰。

交付内容

1、蛋白鉴定总表：Excel表格，包含蛋白登录号（Accession）、基因名称、蛋白描述、分子量、覆盖度、唯一肽段数、肽段序列、打分等。

2、详细肽段信息：鉴定到的所有肽段序列、电荷、质荷比、谱图匹配信息。

3、质谱原始文件：RAW或mgf文件

4、质控报告：FDR控制、总谱图数、鉴定肽段数、蛋白数、基础统计学图表。

5、实验报告：详细记录酶解方法、色谱梯度、质谱参数、数据库版本及搜索参数。

常见问题

Q1：蛋白定性分析能鉴定到多少个蛋白？
取决于样本复杂度和蛋白量，简单蛋白溶液（如Co-IP产物）可鉴定几十至几百个个蛋白（视质谱平台和数据库覆盖度）。

Q2：鉴定结果中会出现假阳性吗？
我们采用严格FDR控制（通常<1%），并保留唯一肽段（unique peptide）≥1且可信度高的蛋白。同时建议设置阴性对照（如IgG pulldown）以排除非特异性结合背景。

Q3：能否鉴定膜蛋白或低丰度蛋白？
可以。对于膜蛋白，我们推荐使用膜蛋白提取试剂盒或采用胶内酶解结合高pH反相分级技术；对于低丰度蛋白，可增加样本起始量或进行预分离（如SDS-PAGE切胶）。

Q4：能否区分同源蛋白或亚型？
质谱鉴定基于肽段匹配，如果同源蛋白间存在唯一肽段（差异序列），则可区分；若序列完全一致，则无法区分。

Q5：客户需要提供什么信息？
请提供样本类型、来源物种、蛋白预估量、缓冲液成分；如有特殊需求（如修饰分析、特定数据库检索），请提前说明。

实验结果示例

参考文献

1、The MASTL/YBX1/PAK4 axis regulated by stress-activated STK24 triggers lenvatinib resistance and tumor progression in HCC

2、CircAKT3 promotes prostate cancer proliferation and metastasis by enhancing the binding of RPS27A and RPL11